延暦21（802）年、富士山東脚が噴火した際、須走に斎場を設け、鎮火祭を斎行したところ、同年4月初申の日に噴火が収まった。大同2（807）年に祭事の跡地に神をお祀りしたことが神社の創建と伝えられる。以後人々の尊崇を集め、平成19年には御鎮座1200年記念式年大祭が斎行されたほか、記念事業の一環として宝物や富士講等の資料を展示する資料館が社務所に併設された。平成25年には、信仰の山・富士山の構成資産の１つとして、世界文化遺産に登録された。